Koszt prowadzenia pełnej księgowości jest znacznie większy niż koszt prowadzenia uproszczonej księgowości. To z tego powodu wielu przedsiębiorców wolałoby prowadzić uproszczoną księgowość, zamiast pełnej księgowości. Niestety w wielu firmach nie jest to możliwe, nie ze względu na ich obroty, lecz na formę prawną w jakiej funkcjonują.
Koszt prowadzenia pełnej księgowości jest wysoki, ponieważ system ten jest bardzo rozbudowany i jego prowadzenie pochłania sporo czasu. Ma na to też wpływ potrzeba posiadania dużej wiedzy i doświadczenia, by prawidłowo zająć się wymaganymi księgowaniami. Stąd też konieczność albo dokształcania się przez samego przedsiębiorcę lub zatrudniania księgowej bądź ewentualnie korzystania z usług księgowych biur rachunkowych, co jest jak na razie najtańszą opcją.
Koszt prowadzenia pełnej księgowości może się różnić w poszczególnych przedsiębiorstwach, prowadzących tego typu system księgowości, co wynika z liczby powstających w firmie dokumentów czy wielkości zatrudnienia. Im jest ona większa, tym większe mogą być opłaty za prowadzenie księgowości w biurze rachunkowym. W przypadku prowadzenia księgowości w firmie, koszt nie jest zależny od tych czynników – jest stały.