Płatnikiem podatku od towarów i usług jest obowiązkowo przedsiębiorca, który przekroczy limit rocznego obrotu netto w wysokości 150 000 złotych w proporcji bazowej wynoszącej 100 lub ustalony limit dla innej proporcji. Płatnikiem tego podatku może być również przedsiębiorca, który nie przekroczył limitu, ale pragnie się nim stać.
Podatek VAT ustala się odejmując od podatku należnego (naliczony przy sprzedaży) podatek naliczony (naliczony przy zakupie). Jeżeli podatek należny jest wyższy od naliczonego, jednostka zobowiązana jest do zapłaty tej nadwyżki Urzędowi Skarbowemu. Jeżeli podatek naliczony jest wyższy od należnego, wtedy ma należność od Urzędu Skarbowego. Na ogół nadwyżka jest ona odliczana od zobowiązania w następnym okresie. Jednak w określonych sytuacjach jednostka może wrócić się o zwrot nadpłaty.
Rozliczanie z tytułu podatku VAT z Urzędem Skarbowym może następować co miesiąc, za pomocą formularza VAT-7. Jednostka może również zwrócić się z prośbą do Urzędu Skarbowego o możliwość kwartalnego rozliczania się z tego podatku. W tym wypadku jednostki muszą zgłosić ten fakt Urzędowi, a następnie dokonywać rozliczeń kwartalnych na formularzu VAT-7K (dla przedsiębiorców małych) lub VAT-7D (dla przedsiębiorców dużych). Metoda kwartalna jest dla większości jednostek bardziej opłacalna.