Prowadzenie księgowości jest obowiązkiem znacznie liczniejszego grona, niż sami przedsiębiorcy. Do jej prowadzenia, przepisami ustawy o rachunkowości zobowiązane są również stowarzyszenia rejestrowe oraz fundacje.
Księgowość dla fundacji i stowarzyszeń zawsze prowadzona jest w formie pełnej, czyli w formie księgi rachunkowej. Podobnie jak dla jednostek gospodarczych stanowi to spore utrudnienie w prowadzeniu działalności, gdyż pełna księgowość jest wyjątkowo trudnym i rozbudowanym systemem księgowości oraz w związku z tym wyjątkowo kosztownym. Koszty prowadzenia księgowości dla fundacji i stowarzyszeń są największym wydatkiem jeżeli prowadzi je zatrudniona w organizacji księgowa, a najmniejszym, gdy zajmuje się nią biuro rachunkowe.
Zasady prowadzenia księgowości dla fundacji i stowarzyszeń są prawie dokładnie takie same, jak dla przedsiębiorców. Najważniejszymi zmianami są możliwość sporządzania uproszczonego sprawozdania finansowego oraz brak konieczności stosowania się do zasady ostrożnej wyceny. Te dwie różnice są dla fundacji i stowarzyszeń uproszczeniami w prowadzeniu pełnej księgowości.
Najlepszą obsługę księgową fundacji i stowarzyszeń oraz najniższe koszty jej prowadzenia zapewniają usługi biur rachunkowych.